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연구소/전담부서 설립신고 제도는 일정요건을 갖춘 기업부설연구소와 연구개발전담부서를 신고케 함으로써 각종조세, 관세, 자금지원 및 병역특례 등의 혜택을 부여하고 기업의 기술개발을 적극적으로 촉진 유도하는 동시에 이들 연구조직을 효율적으로 육성지원하기 위하여 1981년부터 제정된 제도임.
과학기술분야 영리연구법인은 과학기술부의 특정연구개발사업 등에 참여할 수 있는 자격을 부여함으로써 기업의 연구개발능력을 강화하고 연구개발서비스업을 육성하고자 도입된 제도임.

- 기업부설연구소: 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호, 동법시행령 제15조 및 동법시행규칙 제7조
- 연구개발전담부서: 기술개발촉진법 시행규칙 제8조
- 과학기술분야 영리연구법인: 기술개발촉진법 제1항 제9호, 동법시행령 제15조 7항 및 동법시행규칙 제9조

(사)한국산업기술진흥협회는 동 신고 제도를 기술개발촉진법 제16조 및 동법 시행령 제28조 제1항의 규정에 의거 1991년 2월부터 과학기술부로부터 이관 받아 수행하고 있음.

구 분			신 고 요 건
인적요건	연구소	벤처기업	2명 이상 (단, 개업일로부터 5년 이내에 한함)
		연구원창업 중소기업
		중소기업	5명 이상
		국외에 있는 기업연구소 (해외 연구소)
		대기업	10명 이상
	연구개발 전담부서	기업규모에 관계없이 적용	1명 이상
	과학기술분야 영리연구 법인		10명 이상
물적요건	연구시설 및 공간요건		연구개발활동을 수행해 나가는데 있어서 필수적인 독립된 연구공간과 연구시설을 보유하고 있을 것

과학기술분야 연구개발활동을 수행하는 부문을 보유한 기업(개인기업 포함)만 해당되며, 비영리법인, 공익법인, 의료법인(개인법인 포함)과 리서치 등 과학기술분야 이외의 연구소는 해당되지 않음. 신고방법 연구소.전담부서 및 영리연구법인 설립신고는 기본적으로 설립, 신고 체계이므로 신고코자 하는 기업은 상기 인정요건을 갖춘 상태에서 구비서류를 작성하여 한국산업기술진흥협회에 신고

기업부설연구소와 연구개발전담부서의 차이점
구 분	내 용
신고요건상의 차이점	- 전담부서는 연구소에 비하여 소규모의 연구조직 형태로서 인적요건상 연구전담 요원을 1인 이상 요구하고 있는 점에서 구분됨 (물적요건은 동일함)
명칭상의 차이점	- 전담부서는 “…센터”, “…연구소(원)”, “…(개발)본부” 등과 같이 연구소와혼돈 될 수 있는 ..명칭은 사용할 수 없으며, 연구소도 일반 적으로 전담부서로 통용되는 명칭은 사용할 수 없음
지원제도상의 차이점	- 전담부서는 지원제도의 폭이 연구소에 비하여 상대적으로 협소함. - 기업부설연구소가 신고ㆍ인정되어 있어야 연구개발투자 벤처기업으로 신고할 수 있음.

구 분	내 용
접수 및 서류심사	서류접수시 신고서류가 제대로 구비 되었는지와 서류상의 기재내용이 정확한지를 판단하 여 보완사항을 통보함 ※서류접수시 제출서류에 대한 1차 서류검토가 동시에 실시되는 바,제출서류는다른 사정 이 없는 한 가급적 직접 연구소지원팀을 방문하여 접수하는 것을 권장함.
종합평가	연구소/전담부서/영리연구법인 인정ㆍ확인에 필요한 요건을 모두 충족시키고 있는지의 여부를 종합적으로 평가하여 인정 및 확인여부를 결정함.
인정서/확인서 발급	연구소/전담부서 영리연구법인의 상시비치서류 일체를 확인한 후 연구소에 대해서는 기업 부설연구소 인정서를,전담부서에 대해서는 연구개발전담부서 확인서를 영리연구법인에 대 해서는 영리연구법인 인정서가 교부됨.
현지확인(사후관리)	설립신고서류 또는 변경신고서류상의 기재사실과 연구소/전담부서/영리연구법인의 실제 현황이 일치하는가의 여부,연구개발활동 수행여부 및 연구전담요원의 실제근무 여부 등을 확인하기 위하여 설립인정 전후 또는 변경신고 전후에 현지확인을 실시할 수 있음.
처리기간	연구소/전담부서/영리연구법인의 신고에 따른 처리기간은 접수일로부터 1개월 이내임(민 원인의 편의를 위해 가능한 한 접수일로부터 20일을 전후하여 처리하고 있음)
처리기간	서류미비 및 보완사항이 필요한 경우에는 다음 단계로의 진행이 어려우므로 바로 보완하는 것을 권장함(그렇지 않으면 일정이 지연됨)
유의사항	연구소/전담부서/영리연구법인 설립신고와 변경신고 제반 서류는 향후 당해 기관의 운영 및 관리와 관련하여 상시비치서류인 바,본회에 제출하기 전에 전체를 복사하여 1부를 별도 로 보관해야함.
유의사항	인정 확인서 교부시 반드시 상시비치서류를 확인하고 있으므로 신고서류 작성시상시 비치 서류도 함께 준비하여야 함

- 지원제도 개관

구 분	제 도 명	제 도 구 분	비 고
조 세 지 원	연구 및 인력개발준비금의 손금산입	연구개발비, 기술정보 및 훈련비, 연구시설투자 등 기술혁신관련 투 자계획금액을 투자개시전에 미리 손금으로 산입토록 하고, 이를 3년 이내에 기술개발 관련부문에 투자토록 함 (조세특례제한법 제9조)	중소기업 우대
	연구 및 인력개발비 세액공제	각 과세연도 연구 및 인력개발비의 일정률을 법인세 또는 소득세에서 사후적으로 공제함 (조세특례제한법 제10조)	중소기업 우대
	연구 및 인력개발을 위한 설비투자 세액공제	연구 및 인력개발 또는 신기술의 기업화를 위한 시설투자에 대하여 투자금액의 일정률을 세액공제함 (조세특례제한법 제11조)
	기업부설연구소용 부동산에 대한 지방세 면제	기업부설연구소용 부동산에 대하여 지방세(취득세/등록세/재산세) 를 면제함 (지방세법 제282조)	연구소에 한함
	중소기업 연구소 연구원 연구활동비 소득공제	중소기업 부설연구소 연구전담요원이 급여규정에 의거 연구활동비를 받는 경우 일정금액에 대하여 과세대상소득에서 공제함 (소득세법 시행령 제38조)	중소기업 연구소에 한함
관 세 지 원	산업기술의 연구개발용품에 대한 관세감면	연구개발용으로 수입하는 첨단기자재중 별도로 고시하는 연구개발용 기자재 및 시약/부분품/물품/원재료 및 견품에 대하여 부과되는 관 세의 80%를 감면함 (관세법 제90조)
인 력 지 원	중소기업 연구인력 고용지원사업	신규채용 석/박사급 연구개발인력 비용에 대한 인건비 보조금 지급	중소기업에 한함
인 력 지 원	병역특례 (전문연구요원제도)	일정기준을 갖춘 기업부설연구소가 신규채용하는 연구전담요원에 대하여 배정된 T/O 한도내에서 병역의무를 면제함 (병역법 제36, 37, 39조)	연구소에 한함
자 금 지 원	국가연구개발사업 참여지원제도	특정연구개발사업, 산업기반기술개발사업, 산업기술기반조성사업, 정보통신기술개발사업 등 국가연구개발사업 참여시 연구개발비의 일정률을 연구보조비로 직접 지원함
자 금 지 원	중소기업 기술 신용보증 특례제도	기술우대보증 심사시 기술개발능력평가를 생략하고 25점 만점을 부 여 받을 수 있는 특례지원 대상기관(중소기업청장 추천)이 될 수 있 음	연구소에 한함
기 타 지 원	중소기업판정시의 특별조치	종원업수 산정시 연구전담요원를 종업원 수에서 제외시킴으로써 중 소기업 판정시 예외적으로 우대 적용함	연구소에 한함

* 이외에도 중앙정부 부처 및 지방자치단체와 공공기관(국영업체 포함)에서는 각종의 기술개발자금 및 사업발주시 연구소 및 전담부서 보유 기업체에 대해서만 신청자격을 부여하거나 심사/선정시 우대하는 등의 조치를 취하고 있음.

구분	제도명	비법인 연구기관		법인 연구기관
		기업 부설연구소	연구개발 전담부서	단독연국법인		공동연구법인
		기업 부설연구소	연구개발 전담부서	비영리 연구법인	영리 연구법인	산업기술 연구조합	전문 생산기술연구소
조세	연구 및 인력개발준비금의손금산입	○	○	○	△	○	○
	연구및인력개발비 세액공제	○	○	○	△	○	○
	연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제	○	○	○	×	○	○
	기업부설연구소용 부동산에 대한 지방세 감면	○	×	○	×	○	○
	중소기업 연구소 연구원 연구활동비 소득공제	○	×	×	×	×	×
관세	학술연구용품에 대한 관세 감면	○	○	○	×	○	○
인력	중소기업 연구인력 고용지원사업	○	○	○	○	×	×
인력	전문연구요원제도	○	×	○	×	○	△
자금	국가연구개발사업	○	△	○	△	△	△

범례 : ○ 가능, △ 일부가능, × 불가능